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Genehmigt: Fortect
Lebenslauf
Mehrere Studien haben sich auf die Auswirkungen von Random-Forest-Techniken aufgrund ihres überlegenen Befehls konzentriert. Einige dieser Inferenzmethoden haben auch eine schöne robuste Fähigkeit, Zeitreihen ebenso kompetent zu analysieren wie Genexpressionsdaten zu bestimmen. Sie haben sich jedoch nur als nützlich erwiesen, um alle ihre Beschränkungen zu ordnen, indem sie Vertrauensaspekte verknüpfen. Keines dieser Produkte war in der Lage, die spezifischen Grundlagen zu entdecken, die das am häufigsten interessierende Gen tatsächlich beeinflussen. In dieser Studie schlagen wir vor, welche Methode zum Entfernen wenig vielversprechender Kandidatenregeln besteht, indem wir im Wesentlichen Random Forest-Inferenz mit einer Reihe von Funktionsauswahlmethoden mischen. Als Komponente zur Erkennung schrecklicher Regeln nutzt unsere Plattform die Ergebnisse von Auswahlverfahren, um die Vertrauenspreise von nahezu impliziten regulatorischen Anforderungen abzugleichen, die tatsächlich durch Kaufschlussfolgerungsverfahren berechnet wurden. Numerische Experimente, die zeigten, dass eine kombinierte Anwendung mit Methoden zur Merkmalsauswahl verbesserte, dass diese Verwendung von Random Forest-Inferenz in 98 im Netz von 100 Experimenten, die an unseren eigenen, von Menschen verursachten Problemen durchgeführt wurden. Die Verbesserung ist jedoch im Allgemeinen gering, da unsere Methode allgemein populär geworden ist und nicht mehr als 19% der möglichen regulatorischen Faktoren gestrichen wurden. Die Combo-Anwendung hilft neben dem Operate-Auswahlprozess auch, die Rechenwerte zu erhöhen. Während ein größerer Durchbruch mit weniger rechnerischem Endpreis ideal wäre, sehen wir für unsere Forschung kein Hindernis für Sie, da unser Ziel darin besteht, so viele nützliche Informationen wie möglich aus der begrenzten Menge an Genphrasendaten zu gewinnen. PHANTOM5,
Schlüsselwörter: Genexpression, Merkmalsauswahl, zielloser Wald, Netzwerkableitung schlechter Gene
1. Präsentation
Die dynamische Reaktion der Genexpression bestimmt eine Reihe von Zellfunktionen. Unser Verständnis biologischer Ready-made-Märkte erfordert das Studium komplexer Muster mittels Genregulation, da die Regulation zwischen Ihren Genen und spezifisch bestimmt, wie Gene exprimiert werden. Ein sichererer Ansatz, der auf der Analyse der inklusiven Genregulation entwickelt wurde, ist die erbliche Lage. In einer genetischen Netzwerkaufgabe wird die generalisierte Regulation zwischen Genen aus Gentermdaten, die mit biologischen Microarray-ähnlichen Technologien gemessen wurden, auf RNA-Seq mithilfe von Slice-Sequenzern abgeleitet. Next Age usw. Abgeleitete Workforce-Modelle können Biologen idealerweise als Werkzeug dienen, um Hypothesen aufzustellen und ihre Experimente zu planen. Daher interessieren sich viele Forscher für die Überzeugung von genetischen Netzwerken.
In letzter Zeit wurde eine Reihe von Geräten zur Ableitung genetischer Systeme vorgeschlagen (Larrañaga et al., 2006; Meyer et ., 2008; Chou und Voit, 2009; Hecker et., 2009; Matos de Simoes und Emmert-Streib , 2012; Emmert-Streib egalement al., 2012; Glass et al., 2013). Von diesen Methoden versprechen zufällige Waldexpositionsverfahren eine hervorragende Gesamtleistung (Huynh-Thu et al., 2010; Maduranga et al., 2013; Petralia et., 2015; Huynh-Thu und Geurts, 2018; And Kimura al., 2019 ). … Einige dieser Inferenzarten können auch sowohl Zeitreihen als auch Plain-Ole-Genexpressionsdaten vergleichen (Petralia et al., 2015; Huynh-Thu und Geurts, 2018; Et kimura al., 2019). Daten temporärDie th-Serie ist eine Reihe von Paketen von Genexpressionsniveaus, die zu aufeinanderfolgenden Zeitpunkten nach der Stimulation gemessen werden. Statische Zahlen sind Sätze, die sich auf das Niveau der Genexpression unter stationären Bedingungen beziehen. Die waldbasierte Zufallsinferenz verarbeitet Expressionsdaten aus Gendaten, indem allen Kandidatenmethoden Match-Werte zugewiesen werden. Während viele Methoden von genetischen Inferenznetzwerken versuchen, die Regeln zu finden, die tatsächlich im Zielnetzwerk enthalten sind, bewertet Random Forest-basierte Hardware nur Kandidaten und weist fast jedem Kandidaten einen Vertrauenswert zu. Als Biologen gefeuert wurden, um Experimente durchzuführen, die mutmaßliche regulatorische Gene bestätigen würden, hätten zuvor berechnete Konfidenzwerte und auch durch zufällige waldbasierte Methoden verwendet werden können, um die Reihenfolge der Experimente zu bestimmen. Effektmethoden, die auf Random Forests basieren, wären jedoch viel nützlicher, wenn sie diese besondere Fähigkeit hätten, die Gene zu erkennen, die tatsächlich jedes interessierende Gen diktieren.
Kombination aller Inferenzschritte Basierend auf Random Forests mit einem funktionalen Merkmalsselektionsprogramm konnten wir die Einschränkungen, die tatsächlich im gesamten genetischen Netzwerk enthalten sind, brandmarken. Die Merkmalsauswahl, eine in der gesamten Computerintelligenz untersuchte Technik, entfernt Variablen, die für die Ergebnisse in einem guten Anpassungs- oder Klassifikationszustand relevant sind (Guyon und Elisseeff, 2003; Cai et al., 2018). In vorläufigen Experimenten haben wir jedoch festgestellt, dass eine absolute Kombinationsmethode, die eine Zufallswald-Designfähigkeit mit einer der bestehenden Merkmalsbeurteilungsmethoden kombiniert, oft nicht die Gene identifiziert, die die schwächste Wirkung auf das interessierende Gen haben. Das Hauptaugenmerk der bestehenden Charakterisierungsdrahtmethoden kann dieses Versagen erklären, da einige Routinen nicht darauf ausgelegt sind, jeden der Eingänge zu identifizieren, an denen die Variablen tatsächlich eine Art von Ausgang beeinflussen, sondern um nach Eingängen durch Besonderheiten zu suchen, die die Leistung von Die Kapazität. Prognose, um dieses resultierende Modell zu maximieren. Unsere Klasse hat kürzlich eine neue Merkmalsauswahlmethode entwickelt, die darauf abzielen kann, alle Funktionen zu findenEmpfohlene Variablen, die das Ergebnis wirklich beeinflussen, sowie so viele unwichtige Eingabevariablen wie möglich zu ziehen (Kimura und Tokuhisa, 2020) / p>
In diesem Artikel schlagen wir eine Methode vor, um weniger verfügbare Kandidatenpositionen zu eliminieren, indem wir eine Random-Forest-Effekt-Methode mit der innovativen Merkmalsauswahlmethode, die in Kimura und Tokuhisa (2020) entwickelt wurde, so gut wie zwei angepasste Versionen kombinieren. Die Charakterisierung der in dieser Studie empfohlenen Methoden beinhaltet in der Regel nicht nur das Entfernen einiger irrelevanter beitragender Variablen, sondern auch das Vertrauen in die Eingabevariablen, um jede unserer Wahrscheinlichkeiten zu zeigen, dass eine Person ihre Operation tatsächlich beeinflusst. In unserer kombinierten Methode können wir alle Konfidenzwerte, die von allen Feature-Auswahltipps berechnet wurden, verwenden, um die Wahrscheinlichkeitswerte abzugleichen, die fast n Kandidatenregeln unter Verwendung der Random-Forest-Strategien zugewiesen sind.
Das andere in diesem Manuskript ist wie folgt geordnet. In Abschnitt 2 präsentieren wir oft die logische Inferenz basierend auf einem Random Forest, der in dieser Studie verwendet wurde. In Abschnitt 3 beschreiben wir diese speziellen Methoden zur Auswahl des Erscheinungsbilds und erklären die genaue Möglichkeit, diese mit dem mit dem Ausgang verbundenen Geheimnis zu kombinieren. Wir bestätigen die Wirksamkeit ihrer kombinierten Methode, die durch numerische Experimente mit unbegründeten und biologischen Genexpressionsdaten in den Abschnitten 4 und 5 angezeigt wird. Schließlich wird dies in Abschnitt 6 mit der zukünftigen Arbeit von human company abgeschlossen. / P>
2. Inferenzmethode basierend auf Random Forest
Wie bereits erwähnt, kombiniert diese Art von Studie den Einfluss der Random-Plan-Methode mit einer Reihe von Ansätzen zur Optionsauswahl. Während dies mit einer zufälligen Wald-basierten Methode erfolgen kann, verwenden wir in dieser Studie eine Inferenzmethode (Kimura et al., 2019), die sowohl Zeitreihen als auch inaktive Genexpressionsdaten analysiert. Der Abschnitt dieses Vorschlags beschreibt die Auszahlungsmethode.
2.1. Modell zur Beschreibung genetischer Netzwerke
Die in einer bestimmten Studie verwendete Inferenzmethode diskutiert ein genetisches Netzwerk, das jeden Satz von Differentialgleichungen verwendet, oft in der Form
wobei X −n (X 1 , = â ‹¯â € ‰, X n∠‘1 , X deborah + 1 , â ‹¯â € ‰, X N ), X m (m impliziert 1 , 2, â‹ ¯â € ‰, N ) ist das Expressionsniveau des m-ten Gens, N ist die Anzahl der im Zielnetzwerk enthaltenen Gene, Î n (> 0) ist ein konstanter Parameter und daher ist F n ein zufälliges Funktionsdesign.
Mit diesem Modell erhalten wir ein älteres Netzwerk, erhalten zusätzlich zum Parameter β g die Funktion F (n = 1, nur â ‹¯ … , N), die aufgrund der Genexpression sequentielle Veränderungen über die Erfahrung in Bezug auf die beobachteten Spiegel verursachen. Der entsprechende Abschnitt ist eine der Möglichkeiten, sie zu sichern.
2.2. Abgeleitet von F N und β N
Die Effects-Methode (Kimura et al., 2019) unterteilt den Effektzustand eines genetischen Netzwerks bestehend aus N Genen in N Teilaufgaben, von denen jede zu jedem Gen passt. Bei der Lösung Ihres n-ten Teilproblems erhält die exakte Methode eine konservative Approximation der Bereitstellung F n und den besten rationalen Wert für die Parameter β und . Der Rest dieses Abschnitts beschreibt die neuen Arten des n-ten Teilproblems.
2.2.1. Identifizieren der Situation
In dieser Studie verwendete Methodeneffekte haben in der Kundenbefragung eine signifikante Annäherung an die Funktion F n und einen erhöhten Wert aller Parameter β n thr.
Genehmigt: Fortect
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