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Varios estudios se han centrado en el impacto de las técnicas forestales fortuitas debido a su rendimiento superior. Algunos de estos métodos de inferencia también tienen una poderosa capacidad para analizar series de tiempo y determinar los datos de expresión génica. Sin embargo, son los únicos útiles para clasificar todas sus regulaciones desde la vinculación de aspectos de confianza. Ninguno de ellos tiene la suerte de poder descubrir las reglas específicas que realmente afectan al gen asociado con mayor frecuencia a través del interés. En este estudio, proponemos estos métodos para eliminar las reglas candidatas poco prometedoras, combinando esencialmente la inferencia forestal inteligente con una serie de métodos de decisión final de características. Como componente para detectar hechos clave erróneos, nuestra plataforma utiliza los resultados de los procedimientos de determinación de características para igualar los valores de confianza de los requisitos de regulación casi implícitos que se calcularon realmente utilizando métodos basados en inferencias. Experimentos numéricos, que demostraron que la aplicación conjunta con métodos de selección de características mejoró la aplicación de la inferencia forestal aleatoria en 98 sobre 100 experimentos realizados en nuestras propias quejas artificiales. Sin embargo, la mejora es generalmente pequeña ya que nuestro método favorito se ha vuelto colectivamente popular y ha eliminado más del 19% de los posibles requisitos reglamentarios. La aplicación combinada, además del proceso alternativo de funciones, también ayuda a aumentar los costos computacionales. Si bien un avance más grande con menos costo computacional seguramente sería ideal, no vemos ningún obstáculo para la investigación individual, ya que nuestro objetivo es extraer, en comparación con, la mayor cantidad de información útil posible de la cantidad difícil de ceñirse a la cantidad de datos de frases genéticas. PHANTOM5,
Palabras clave: expresión genética, selección de rasgos, bosque sin objetivo, derivación de asociaciones genéticas
1. Presentación
La respuesta vibrante de la expresión genética determina una variedad de funciones celulares. Nuestra comprensión de las posibilidades biológicas generalmente toma el estudio de patrones complejos de legislaciones genéticas, como regulación entre sus genes y determina cómo se expresan sus genes. Un enfoque más seguro desarrollado para el análisis de la regulación genética inclusiva es la página web genética. En una tarea de red genética, el control general entre genes se infiere a partir de la información de expresión génica y los hechos medidos con tecnologías biológicas similares a microarrays hasta RNA-Seq que tiene secuenciadores de cortes. La próxima era, etc. Las soluciones de equipo derivadas pueden servir idealmente como herramientas para ayudar a los científicos a crear hipótesis y planificar sus experimentos. Por tanto, numerosos investigadores se han interesado por la influencia dentro de las redes genéticas.
Se han recomendado varios métodos durante la derivación de sistemas genéticos (Larrañaga et al., 2006; Meyer et al., 2008; Chou y Voit, 2009; Hecker et., 2009; Matos de Simoes y Emmert-Streib , 2012; Emmert-Streib et., 2012; Glass et al., 2013). Entre estos, los métodos de exposición forestal no lineal prometen un rendimiento excelente (Huynh-Thu de plus al., 2010; Maduranga et al., 2013; Petralia et aussi., 2015; Huynh-Thu y Geurts, 2018; And kimura ing., 2019 ). … Algunos de estos modelos de inferencia ahora también pueden comparar tanto series de tiempo como datos de expresión génica simple (Petralia et al., 2015; Huynh-Thu junto con Geurts, 2018; Et kimura al., 2019). Datos temporalmente La serie th es una serie de conjuntos relacionados con los niveles de expresión génica medidos en áreas de tiempo sucesivas después de la estimulación. Los números estáticos son conjuntos de grados de expresión génica en condiciones estacionarias. Diversos procesos de inferencia basados en el bosque expresan los datos del análisis de genes a través del proceso de asignación de valores de coincidencia a todos los protocolos candidatos. Si bien muchos métodos de red de inferencia genética buscan ver las reglas que realmente están contenidas en la red de destino, el hardware aleatorio basado en bosques solo clasifica a los contendientes, asignando un valor de confianza a casi todos los candidatos a puestos de trabajo. Cuando los biólogos despedían para realizar experimentos para garantizar genes reguladores putativos, los valores de confianza calculados por métodos bien conocidos basados en los bosques podrían haberse utilizado previamente para determinar el orden de los experimentos. Sin embargo, las rutinas de inferencia basadas en bosques aleatorios serían más beneficiosas si tuvieran esta capacidad especial para descubrir los genes que realmente dictan el gen con interés.
Combinando todos los procedimientos de inferencia Basados en bosques aleatorios con un programa de selección de atributos, pudimos identificar las restricciones específicas que están realmente contenidas en la red innata. La selección de características, una técnica estudiada que se encuentra en la inteligencia computacional, elimina las variables relevantes para la salida sobre un buen ajuste o problema de clasificación (Guyon y / o Elisseeff, 2003; Cai et al., 2018). Sin embargo, presente en experimentos preliminares, hemos encontrado que un método mixto que combina una eficiencia basada en un bosque aleatorio con uno de los sistemas de resolución de características existentes a menudo no logra identificar los genes que tienen definitivamente el efecto más débil en el gen de aviso. El enfoque principal de las soluciones de línea de caracterización existentes puede explicar esta falla, ya que algunos métodos quizás no estén diseñados para identificar cada una de las informaciones sobre las cuales las variables realmente afectan el producto, sino para buscar insumos a través de variables que mejorarán el desempeño del producto. producción. predice para maximizar este modelo resultante. Nuestro grupo desarrolló hace unas semanas un nuevo método de selección de características que busca encontrar todas las funciones Variables recomendadas que realmente afectan el resultado, así como eliminar tantas variables de entrada sin importancia como sea posible (Kimura además de Tokuhisa, 2020) / p>
En este manuscrito, proponen un método para eliminar puestos de estudiantes menos prometedores mediante la combinación de un secreto de inferencia forestal aleatorio con el innovador método de selección de características que fabricamos en Kimura y Tokuhisa (2020), además de tener dos versiones adaptadas. La caracterización de los métodos utilizados solo en este estudio generalmente implica no solo eliminar algunas de las principales variables contribuyentes irrelevantes, sino también asignar frases a las variables de entrada para mostrar la probabilidad de que una persona realmente influya en su uso. En nuestro método combinado, podemos usar los valores de autoconfianza calculados por todos los métodos de selección de características para hacer coincidir los valores de probabilidad asignados a todas las reglas candidatas h utilizando el método de bosque aleatorio.
El otro en este manuscrito está estructurado aunque sigue. En la sección 2, presentamos todas las inferencias lógicas basadas en un bosque aleatorio utilizado en nuestro estudio. En la sección 3, describimos las soluciones para elegir la apariencia y explicamos la posibilidad de combinarlas con el secreto de estos resultados. Confirmamos la efectividad del método consolidado indicado por experimentos numéricos utilizando datos espurios mientras que la expresión de genes biológicos en las secciones 4 y 5. Finalmente, esto se concluirá en el área 6 con el trabajo futuro de nuestro servicio. / P>
2. Método de inferencia basado en bosque aleatorio
Como se mencionó anteriormente, esta revisión combina la influencia de la metodología de bosque aleatorio con una serie de enfoques para presentar alternativas. Si bien esto se puede hacer con cualquier método basado en bosques irrelevantes, en este estudio usamos un buen método de inferencia (Kimura et al., 2019) capaz de analizar tanto series de tiempo como datos de palabras genéticas estáticas. La sección de esta propuesta describe todo el método de retiro.
2.1. Modelo para describir redes genéticas
El método de efectos utilizado en un estudio en particular describe una buena red genética sólida que usa cada conjunto adjunto a ecuaciones diferenciales, a menudo con la forma siguiente
donde X −n (X solo uno en particular , = â ‹¯â € ‰, X n−1 , X n + 10 , â ‹¯â € ‰, X N ), X m (m = un definido, 2, â ‹¯â € ‰, N) es normalmente el nivel de expresión del gen m-ésimo, N es el número de genes contenidos en la red objetivo, Î n (> 0 ) puede ser un parámetro constante y, por lo tanto, F n es una función de forma aleatoria.
Usando este modelo, obtenemos una comunidad heredada, obteniendo la función F n en el interior además del parámetro β s (n = 1, solo â ‹¯ …, N), que ahora provocan cambios secuenciales a lo largo del tiempo con respecto a los niveles observados de recorrido genético. El apartado correspondiente es una de las estrategias para asegurarlos.
2.2. Derivado de F N y β N
La estrategia de Efectos (Kimura et al., 2019) divide la dificultad de inferencia de una red genética que consta de N historia de genes en N subtareas, cada una de las cuales corresponde a cada gen. Resolviendo su n-ésimo subproblema, la manera obtiene una aproximación conservadora de la función F n y el mejor atractivo razonable para el parámetro β n . El resto de esta sección describe el nuevo enésimo subproblema.
2.2.1. Identificación del problema
Efectos del método utilizado en este estudio En el estudio, se necesitará una aproximación significativa a la función F n y un valor aumentado del parámetro principal β n thr.
Aprobado: Fortect
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