Si vous avez un message d’erreur de réseau génétique, le guide d’utilisation d’aujourd’hui a été créé pour vous aider.
Approuvé : Fortect
CV
Plusieurs études se sont focalisées sur le ressenti des techniques de forêt aléatoire en raison de leurs performances avancées. Certaines de ces méthodes d’inférence ont également besoin d’une solide capacité à analyser les séries chronologiques et à déterminer les données d’expression génique. Cependant, il y a de fortes chances qu’ils ne soient utiles que pour classer toutes leurs précieuses réglementations en reliant les aspects de la confiance. Aucun d’entre eux n’a été en mesure de découvrir les diverses règles qui affectent réellement le gène le plus souvent associé à l’intérêt. Dans cette étude, nous conseillons cette méthode pour supprimer les règles candidates peu prometteuses, combinant généralement l’inférence de forêt aléatoire avec un nombre lié aux méthodes de sélection de caractéristiques. En tant que composant pour découvrir les mauvaises règles, notre plate-forme utilise les résultats liés aux procédures de sélection de caractéristiques pour faire correspondre les trésors de confiance des exigences réglementaires quasi implicites qui ont été effectivement mentionnées à l’aide de méthodes basées sur l’inférence. Des expériences numériques, qui ont montré le fait que l’application combinée avec des méthodes de sélection de caractéristiques a bien amélioré l’utilisation de l’inférence de forêt aléatoire en 1997 sur 100 expériences réalisées sur nos propres problèmes artificiels. Cependant, l’amélioration est généralement de bonne taille car notre méthode est devenue collectivement populaire mais n’a également supprimé pas plus de 19% des exigences réglementaires possibles. L’application combinée, en plus de la façon dont le processus de sélection des fonctionnalités, contribue également à augmenter les coûts de calcul. Bien qu’une percée plus importante avec un coût de calcul élevé serait idéale, nous ne voyons aucun défi à notre recherche, car notre objectif est sur le marché d’extraire autant d’informations utiles que possible loin de la quantité limitée de données de phrases géniques. PHANTOM5,
Mots clés : expression génique, sélection de traits, plan sans but, dérivation de réseau génétique
1. Présentation
La réponse dynamique de l’expression des gènes détermine votre propre variété de fonctions cellulaires. Notre compréhension des possibilités physiques nécessite l’étude de modèles complexes de régulation des gènes, en tant que régulation entre vos gènes et détermine comment les gènes sont exprimés. Une approche plus sûre étendue à l’analyse de la localisation génétique de la régulation génique inclusive. Dans une tâche de réseau génétique, notre propre régulation générale entre les gènes est déduite des données d’expression génique mesurées avec des technologies biologiques de type microarray afin de RNA-Seq à l’aide de séquenceurs en tranches. L’âge suivant, etc. Les modèles d’équipe dérivés peuvent idéalement servir d’outils lorsque vous devez aider les biologistes à créer des hypothèses et à planifier leurs études. Ainsi, de nombreux chercheurs se sont intéressés à l’influence même des réseaux génétiques.
Un certain nombre de méthodes pour la dérivation de systèmes génétiques ont maintenant été proposées (Larrañaga et al., 2006; Meyer egalement al., 2008; Chou et Voit, 2009; Hecker d’autant plus., 2009; Matos de Simoes et Emmert-Streib, 2012 ; Emmert-Streib et al., 2012 ; Glass et al., 2013). Parmi celles-ci, les méthodes d’exposition forestière aléatoire promettent d’être excellentes à tous les niveaux (Huynh-Thu et al., 2010 ; Maduranga et al., 2013 ; Petralia et., 2015 ; Huynh-Thu et Geurts, 2018 ; And kimura al., 2019). … Certains de ces modèles d’effets peuvent également comparer à la fois des séries chronologiques et, par conséquent, des données d’expression génique statiques (Petralia et al., 2015 ; Huynh-Thu et Geurts, 2018 ; Et kimura al., 2019). Données temporaires La e série est une série d’ensembles liés à des niveaux d’expression génique mesurés à des moments consécutifs après la stimulation. Les nombres statiques sont des produits des niveaux d’expression des gènes dans des conditions météorologiques stationnaires. L’inférence aléatoire basée sur la forêt traite les données d’expression à la suite de l’analyse des gènes en attribuant des valeurs de correspondance à tous les protocoles de sélection. Alors que de nombreuses méthodes de réseau d’inférence génétique doivent trouver les règles qui sont réellement conservées dans le réseau cible, le matériel basé sur une forêt aléatoire classe les candidats les plus efficaces, en attribuant une valeur de confiance à pratiquement chaque candidat. Lorsque les biologistes ont été licenciés pour mener des essais afin de confirmer des gènes régulateurs putatifs, les croyances de confiance calculées par des méthodes aléatoires basées sur les forêts auraient pu être utilisées auparavant pour déterminer l’ordre des expériences. Cependant, les méthodes d’inférence basées sur les forêts aléatoires seraient généralement plus utiles si elles avaient cette expérience particulière pour reconnaître les gènes qui dictent réellement le gène d’intérêt d’une personne.
Combiner toutes les méthodes d’effets A partir de forêts aléatoires issues d’un programme de sélection de traits, nous avons pu identifier les contraintes qui sont effectivement contenues à proximité du réseau génétique. La sélection de caractéristiques, une technique observée dans l’intelligence informatique, supprime les variables pertinentes pour une sorte de sortie dans un bon scénario d’ajustement ou de classification (Guyon et Elisseeff, 2003 ; Cai et al., 2018). Cependant, dans des expériences préliminaires, nous avons découvert qu’une méthode de combinaison qui combine une capacité basée sur la jungle aléatoire avec l’une des méthodes de résolution de fonction existantes échoue souvent à identifier les gènes de la famille qui ont le plus faible effet sur je dirais le gène d’intérêt . L’objectif principal des méthodes de lignes de représentation existantes peut expliquer cet échec, car un petit nombre de méthodes ne sont pas conçues pour identifier chacune des entrées sur lesquelles les variables façonnent réellement la sortie, mais pour rechercher des entrées à partir de variables qui amélioreront la performances de toutes les sorties. prévisions pour maximiser ce modèle résultant. Notre groupe a récemment développé un nouveau mode de sélection de fonctionnalités qui vise à trouver toutes les fonctionsParamètres recommandés qui affectent vraiment le résultat, ainsi que supprimer autant de variables d’entrée sans importance que de capabilité (Kimura et Tokuhisa, 2020) / p>
Dans tout ce manuscrit, nous proposons une méthode pour éliminer les positions candidates prometteuses diminuées en combinant une méthode d’inférence de bois aléatoires avec le chemin de sélection de caractéristiques innovant que nous avons développé dans Kimura et Tokuhisa (2020), ainsi que deux versions adaptées. Caractériser les pratiques utilisées dans cette étude implique généralement de ne pas supprimer principalement quelques variables contributives non pertinentes, mais toujours d’attribuer une confiance aux variables d’entrée pour indiquer la probabilité qu’une personne influence réellement sa propre utilisation. Dans notre méthode combinée, nous pouvons tirer parti des valeurs de confiance calculées par toutes les méthodes de sélection de caractéristiques pour correspondre aux valeurs de probabilité attribuées qui aideront toutes les n règles candidates à l’aide de la méthode des résultats aléatoires.
L’autre dans ce manuscrit est clairement structuré comme suit. Dans la section 2, nous présentons l’inférence logique basée sur une forêt aléatoire essayée dans cette étude. Dans la section 3, nous démontrons les méthodes de choix de l’apparence et éclairons la possibilité de les combiner avec l’important de la sortie. Nous confirmons l’efficacité de la méthode combinée indiquée par des expériences numériques créant l’utilisation de données d’expression de gènes parasites et biologiques dans les messages 4 et 5. Enfin, cela sera déterminé dans la section 6 avec les futurs travaux de notre société. /P>
2. Méthode d’inférence basée sur une forêt aléatoire
Comme défini précédemment, cette étude combine l’influence des différentes méthodes forestières avec un certain nombre d’approches afin de sélectionner les caractéristiques. Bien que cela puisse être fait par n’importe quelle méthode aléatoire basée sur la forêt, dans cette étude, notre organisation utilise une méthode d’inférence (Kimura et al., 2019) pour analyser à la fois les séries chronologiques et les données d’expression génique à l’ancienne. La section de cet engagement décrit la méthode de retrait.
2.1. Modèle de description des réseaux génétiques
La méthode d’inférence utilisée dans une compréhension particulière décrit un réseau génétique qui utilise chacune des équations différentielles localisées, ayant souvent le chiffre
où X −n (X 1 , = â ‹¯â € ‰, X nâ ‘1 , X h + 1 , â ‹¯â € ‰, X N ), X m (m signifie 1 , 2, â‹ ¯â € ‰, N ) est le niveau d’expression d’un mième gène particulier, N est le nombre de gènes inclus dans le réseau cible, Î n (> 0) est une constante paramètre et, par la suite, F n est une fonction de forme non linéaire.
En utilisant ce modèle, nous obtenons un réseau hérité particulier, obtenant la fonction F nord en plus du paramètre β n (n = 1, seulement â ‹¯ . .., N ), qui provoquent des modifications séquentielles excessivement temporelles par rapport aux niveaux observés liés à l’expression des gènes. La section correspondante est l’un des moyens de les sécuriser.
2.2. Dérivé de F N et β N
La méthode Effects (Kimura et al., 2019) divise la condition d’inférence exacte d’un réseau génétique composé de N gènes en N sous-tâches, chacune correspondant à chaque gène. En résolvant votre n-ième sous-problème, l’ensemble de la méthode obtient une approximation conservatrice de la fonction la plus importante F n et la meilleure valeur raisonnable pour le paramètre β t . Le reste de cette section décrit incontestablement le nouveau nième sous-problème.
2.2.1. Identifier le défi
Les effets de méthode utilisés dans cette étude Dans certaines études, ont une approximation significative du travail F n et une appréciation accrue du paramètre β n thr.
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