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3. Clique em "Reparar" para corrigir quaisquer problemas encontrados
Se o arquivo de um indivíduo está no lugar certo neste lugar certo (freesurfer / name.license), certifique-se de que a variável de ambiente MRI_DIR principal está vinculada ao seu diretório Freesurfer, ou seja,é igual ao seu diretório FREESURFER_HOME. Isso vem do conceito de s. juntosObter o arquivo FreeSurferEnv.csh específico descrito como instalação finalInstruções para mover com um arquivo de script seguro regular. 2003-Jul-30 10:35 kteich
Achamos difícil transformar uma tarefa em um problema. E essas palavras-chave. Tente novamente.
Olá
Estou executando o próximo comando aqui:
fmriprep-docker / Users – neurolab / Desktop / Nova pasta –participant-label / lovers / nerolab / desktop / nova pasta versus Derivatives / member 010001 –fs-license-file / Usuários por nerolab / Desktop / Stephan / Programas por freesurfer / license.txt
e frequentemente encontro algum erro bom:
Nó por nome: fmriprep_wf.single_subject_010001_wf.anat_preproc_wf.surface_recon_wf.Path autorecon1
A licença individual do freesurfer está correta e não devo descobrir por que / opt / é obtido para todas as rotas do freesurfer?
Alguém tem alguma ideia?
‘/out/freesurfer/sub-010001/scripts/recon-all.local-copy’/ off por freesurfer / até 010001 mri_convert /data/sub-010001/ses-02/anat/sub-010001_ses-02_T1w.nii /out/freesurfer/sub-010001/mri/orig/001.mgzmri_convert.bin /data/sub-010001/ses-02/anat/sub-010001_ses-02_T1w.nii /out/freesurfer/sub-010001/mri/orig/001.mgz FreeSurfer————————————————– ————————Erro: O arquivo de autorização /opt/freesurfer/license.txt não foi encontrado. Quando os clientes estão fora da maior parte do centro, nmr-martinos vá para http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html uma final com um arquivo de licença válido (é grátis). Quando você é incentivador RMN-Martinos, Certifique-se de estar em um ambiente compartilhado. O caminho alternativo do arquivo de licença também pode ser especificado na variável de ambiente FS_LICENSE.————————————————– ————————Id $: mri_convert.c, vs 1.226 26/02/2016 4:15:24 PM Exp mreuter $Leia /data/sub-010001/ses-02/anat/sub-010001_ses-02_T1w.nii …Linux ed810a344e1d 4.19. # 1 76-linuxkit SMP Ter, 27 de maio 11:42:35 UTC 2020 x86_64 x86_64 x86_64 GNU / LinuxRecon-all -vertisements sub-010001 terminou com ERRORS em 2 de junho às 17:42:36 UTC.Consulte o catálogo de log /out/freesurfer/sub-010001/scripts/recon-all.log para obter mais informações.Para problemas de protocolo, tenha http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting.Erro padrão:Código de retorno: 1″>
Traceback (última chamada, última): "/ usr / local ou miniconda / lib / python3 file.7 / site-packages para cada nipype / pipeline / plugins / multiproc.Line py", 67, em run_node resultado final ["resultado"] implica node.run (updatehash = updatehash) Arquivo "/usr/local/miniconda/lib/python3.7/site-packages/nipype/pipeline/engine/nodes.py", 516, frase de execução Métodos de resultado self._run_interface (execute = True) Arquivo "/usr/local/miniconda/lib/python3.7/site-packages/nipype/pipeline/engine/nodes.py" coleção 635 em _run_interface Auto-retorno ._run_command (executar) Arquivo "/usr/local/miniconda/lib/python3.7/site-packages/nipype/pipeline/engine/nodes.py" linha 741 em relação a _run_command Result = self._interface.run (cwd equivale a outdir) O arquivo "/ usr / local versus miniconda / lib / python3.7 / site-packages / nipype / interfaces / base / core.py" linha 397, em andamento é igual ao tempo de execução Self._run_interface (tempo de execução) Arquivo "/usr/local/miniconda/lib/python3.7/site-packages/nipype/interfaces/base/core.py" pipe 792 em _run_interface self.raise_Exception (execução) Arquivo "/usr/local/miniconda/lib/python3.7/site-packages/nipype/interfaces/base/core.py" linha 723, apenas em raise_exception ) .format (** runtime.dictcopy ())Erro de tempo de execução: comando:recon-all -autorecon1 -i /data/sub-010001/ses-02/anat/sub-010001_ses-02_T1w.nii -noskullstrip -openmp -subjid ten sub-010001 -sd / out / freesurferVersão padrão:Barreira de tópico: freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.1-f53a55aImpressão atual: freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.SUBJECTS_DIR 1-f53a55ainformação: is / out - freesurferFREESURFER_HOME / opt / current freesurferLinux ed810a344e1d 4.19.76-linuxkit número 1 SMP 26 de maio 11:42:35 UTC 2020 x86_64 x86_64 x86_64 GNU / Linux'/ opt per freesurfer / bin / recon-all' -> '/out/freesurfer/sub-010001/scripts/recon-all.local-copy'/ de / freesurfer / até 010001 mri_convert /data/sub-010001/ses-02/anat/sub-010001_ses-02_T1w.nii /out/freesurfer/sub-010001/mri/orig/001.mgzmri_convert.bin /data/sub-010001/ses-02/anat/sub-010001_ses-02_T1w.nii /out/freesurfer/sub-010001/mri/orig/001.mgz FreeSurfer-------------------------------------------------- ------------------------Erro: O arquivo de licença /opt/freesurfer/license.txt não foi encontrado. Se você está no jardim, o centro nmr-martinos vá para http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html trazer de volta um arquivo de licença permanente (grátis). Quando uma pessoa está em Ts ntre RMN-Martinos, Certifique-se de ter um ambiente padrão. O caminho alternativo do arquivo de permissão também pode ser definido enquanto a variável de ambiente FS_LICENSE.-------------------------------------------------- ------------------------Id $: mri_convert.c, sexto é v 1.226 26/02/2016 4:15:24 PM Exp mreuter $tudo retirado de / dat. leitura
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